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如何用primer premier设计miRNA的茎环引物?希望详细点,
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如何用primer premier设计miRNA的茎环引物?希望详细点,
▼优质解答
答案和解析
实际上不需要Primer Plus,手工设计足够了,因为需要设计的只有6个碱基而已.
首先,为你的miRNA 3'-端最后6个碱基写一段完全互补的序列,然后接在一段固定的茎环结构模板序列上,就完成了.
比如：
hsa-miR-10a:5'- UACCCUGUAGAUCCGAAuuugug -3'
设计的引物就是：GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACcacaaa
注意到小写部分是跟miRNA最后6个碱基互补的.只有这6个碱基是专门为miR-10a准备,而引物的其他碱基序列都是通用的,这一大段额外增加的茎环结构固定序列是为了提高PCR的熔解温度.
首先,为你的miRNA 3'-端最后6个碱基写一段完全互补的序列,然后接在一段固定的茎环结构模板序列上,就完成了.
比如：
hsa-miR-10a:5'- UACCCUGUAGAUCCGAAuuugug -3'
设计的引物就是：GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACcacaaa
注意到小写部分是跟miRNA最后6个碱基互补的.只有这6个碱基是专门为miR-10a准备,而引物的其他碱基序列都是通用的,这一大段额外增加的茎环结构固定序列是为了提高PCR的熔解温度.
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