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得到对人类单细胞测序的fastq文件如何计算其coverage,和平均depth
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得到对人类单细胞测序的fastq文件如何计算其coverage,和平均depth
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答案和解析
第一步需要先将原始数据（fastq）比对到参考人类基因组上,定位每条测序序列的位置,然后统计所有测序序列覆盖在参考基因组上的长度,此长度除以全基因组长度即为coverage.测序得到的所有碱基个数,除以参考基因组长度,即为平均depth.
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