测序法检测SNP,结果一个突变都没有?什么原因?测序法检测SNP,PCR了一段序列,包含一个外显子区及其两端相邻的内含子的几十个bp,Pubmed上该外显子区有4个突变,其中MAF最大的为29.5%,但测序结果回

Question

测序法检测SNP,结果一个突变都没有?什么原因?
测序法检测SNP,PCR了一段序列,包含一个外显子区及其两端相邻的内含子的几十个bp,Pubmed上该外显子区有4个突变,其中MAF最大的为29.5%,但测序结果回来,200多个样本（病例对照各半）的该外显子上竟没有一个突变,这是什么原因呢?尤其是对于MAF为29.5%的位点,按道理应该有83个左右的杂合子,17个左右的突变纯合子吧?开始以为样品污染了,但空白对照并没有产物生成,而且发现该外显子相邻的内含子区的一个突变（MAF约为50%）却检测出来了,野生纯合、杂合和突变纯合子都有,所以应该排除样品污染吧.那为什么我的外显子上却一个突变都没有呢?还有200个样本没测序,接下来我应该怎么办呢?还要继续测下去吗?

Answer 1

继续测下看看吧,或许是取样的问题.建议到小木虫请教下高人.祝好运~