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一个共价闭合环形DNA分子中含2100bp,每个DNA螺旋由10.5bp组成,这个DNA分子的超螺旋密度为0.05,则它的Lk,Tw,Wr分别是多少?（麻烦给个过程）
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一个共价闭合环形DNA 分子中含2100bp,每个DNA 螺旋由10.5bp 组成,这个DNA 分子的超螺旋密度为0.05,则它的Lk,Tw,Wr 分别是多少?（麻烦给个过程）
▼优质解答
答案和解析
lingking number（Lk）定义为完全分开两条缠绕的cccDNA单链时,一条链必须穿过另一条链的次数.对于特定的cccDNA,这个数值不因DNA的超螺旋或其它扭曲而改变.
当cccDNA完全释放为正常B型双链DNA时,其Lk值定义为Lk0,它在数值上等于DNA碱基对总数目/每个螺旋的碱基对数目（10.5）.本题中Lk0=2100/10.5=200.
实际的cccDNA中Lk并不总等于Lk0,这种差异定义为Linking difference (ΔLk).ΔLk=Lk-Lk0.当ΔLk小于0时DNA是负超螺旋（扭矩程度变小）,当ΔLk大于0时是正超螺旋（扭得更紧）.
超螺旋密度用于说明这种程度,定义为σ=ΔLk/Lk0
本题中0.05=ΔLk/200 推得ΔLk=10,进而推得Lk=200+10=210.
Tw (Twist)指的是一条链完全穿过另一条链的次数.当不存在超螺旋,即cccDNA平展开时,这个值就是Lk.
Wr (Writhe)是指超螺旋结构中一条DNA双链缠绕另一条DNA双链的次数.这种超螺旋可以释放部分环状双螺旋的张力.对于特定的cccDNA,在不打开共价键断开DNA链的条件下,Lk=Tw+Wr.
因为你题目中没有说明该分子有没有supercoiling,所以不能确定具体的Tw和Wr.如果认为没有超螺旋,则Tw=210,Wr=0
当cccDNA完全释放为正常B型双链DNA时,其Lk值定义为Lk0,它在数值上等于DNA碱基对总数目/每个螺旋的碱基对数目（10.5）.本题中Lk0=2100/10.5=200.
实际的cccDNA中Lk并不总等于Lk0,这种差异定义为Linking difference (ΔLk).ΔLk=Lk-Lk0.当ΔLk小于0时DNA是负超螺旋（扭矩程度变小）,当ΔLk大于0时是正超螺旋（扭得更紧）.
超螺旋密度用于说明这种程度,定义为σ=ΔLk/Lk0
本题中0.05=ΔLk/200 推得ΔLk=10,进而推得Lk=200+10=210.
Tw (Twist)指的是一条链完全穿过另一条链的次数.当不存在超螺旋,即cccDNA平展开时,这个值就是Lk.
Wr (Writhe)是指超螺旋结构中一条DNA双链缠绕另一条DNA双链的次数.这种超螺旋可以释放部分环状双螺旋的张力.对于特定的cccDNA,在不打开共价键断开DNA链的条件下,Lk=Tw+Wr.
因为你题目中没有说明该分子有没有supercoiling,所以不能确定具体的Tw和Wr.如果认为没有超螺旋,则Tw=210,Wr=0
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