引物3端前几个碱基不配对还能扩出产物吗?我是说在PCR时,引物出现错配到300bp,但它的3端前3个碱基没和300bp处配上.引物也可以在300bp处扩吧?只是扩时是从引物的第4个也就是和模板开始配对的

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引物3 端前几个碱基不配对还能扩出产物吗?
我是说在PCR时,引物出现错配到300bp,但它的3端前3个碱基没和300bp处配上.引物也可以在300bp处扩吧?只是扩时是从引物的第4个也就是和模板开始配对的碱基处开始的吧?那前几个碱基就那么悬挂耷拉着吗?
并希望给出易懂的解释.

▼优质解答

答案和解析

在高严谨的条件下,3端不匹配很难扩出来的,5端稍微好一点,所以可以在5端加一些酶切位点什么的；但是在低严谨条件下,引物在模版多个地方可以退火.扩增的话肯定还是从延着3端第一个碱基开始,因为引物不能完全匹配模版,因此模版（也可能是引物）可能形成一个环（loop）,使你的3端碱基可以与下游的某个位点结合,从而开始延长.反正3端不可能耷拉着,不然就不能和聚合酶发生作用的,

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