pcr引物扩增出来的长度和实际产物长度不一样,但相差很少,怀疑是引物本身可能有发夹结构,有这个可能么?这样的结果可信么?谢谢!请看一下我的附图，第三条marker是300bp

Question

pcr引物扩增出来的长度和实际产物长度不一样,但相差很少,怀疑是引物本身可能有发夹结构,有这个可能么?
这样的结果可信么?谢谢!

请看一下我的附图，第三条marker是300bp

Answer 1

楼主这个相差很少是什么概念?100bp?10bp?如何分辨的?
引物的发卡结构不会太多的影响PCR产物的长度,发卡结构可能影响扩增效率.一般没影响.除非你的引物非常长,楼主的引物有多长?
实在不行就去测个序.
希望楼主多提供些信息.
请问楼主是用什么方法分辨出20bp的差异的?琼脂糖吗?
还是建议直接去测序,
或者如果你有标准品,把标准品和你PCR出来的产物混合在一起跑胶（浓度低一点总共100-200ng就好）,胶的浓度高一点,1.5%或者2.0%,120伏,多跑一会看会不会有两条带.
这样方便点.
这个不一定准的,这么小的误差是不能用marker说明的...要么你看我上面的方法,有标准品的话可以试试,在我们实验室,一般认为这个是误差范围内可接受的.因为MARKER也不是非常准,也受到胶,缓冲液的环境的影响.
还有,你用的是多少的MARKER?50bp ladder?还是100bp ladder?
有酶切位点吗两端?直接连进质粒测序吧.看不到图也没法说.不过首先你还是再跑一遍吧我觉得.