什么是上、下游引物,什么是5’端引物和3’端引物?上下游引物是不是相对的?双链DNA的每一条链都有5’和3’端,那5’和3’端引物是怎么区分的?

Question

什么是上、下游引物,什么是5’端引物和3’端引物?
上下游引物是不是相对的?双链DNA的每一条链都有5’和3’端,那5’和3’端引物是怎么区分的?

Answer 1

四种核苷酸或脱氧核苷酸按照一定的排列顺序以3’,5’磷酸二酯键（phosphodiester linkage）相连形成的多聚核苷酸链或脱氧核苷酸（polydeoxynucleotides）,称为核苷酸序列(也称为碱基序列).脱氧核苷酸或核苷酸的连接具有严格的方向性,是前一核苷酸的3’-OH与下一位核苷酸的5’-位磷酸间形成3’,5’磷酸二酯键,构成一个没有分支的线性大分子.DNA的书写应从5’到3’
大多数的真核mRNA转录后在5'-端加一个7-甲基鸟苷,同时第一个核苷酸的C'2也是甲基化的,这种m7G ppp N m帽子结构具有促进核蛋白体与mRNA的结合、加速翻译起始速度的作用,同时可以增强mRNA的稳定性.
在真核mRNA的3'末端,有一多聚腺苷酸(poly A)结构,通常称为多聚A尾.一般由数十个至一百几十个腺苷酸连接而成.poly A是RNA生成后加上去的.poly A与mRNA从核内向胞质的转位及mRNA的稳定性有关.
DNA双链是反向的,复制时,两股链均作为模板,但新链的合成只能是5’→3’
引物提供3’-OH,与原料dNTP的5’-P形成磷酸二酯键,然后DNA聚合酶催化这一聚合反应的进行
sirna合成中,以U6启动子为模板,5′端引物与U6启动子5′端互补,3′端引物与U6启动子3′端互补并带siRNA正义链及9nt 的环状结构,二次循环带反义链.
引物5’端可设计修饰,3’端是延伸开始,一般不可修饰,也不能形成二级结构.