perl分析基因序列就是给出一个.fa类型的文件,找出其中的N长度,GC长度,GC比例等信息.

Question

perl分析基因序列
就是给出一个.fa类型的文件,找出其中的N长度,GC长度,GC比例等信息.

Answer 1

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
open my $fhin,$ARGV[0];
my ($seq,$g,$c);
while(my $line = ){
chomp($line);
$seq .= $line;
print $line;
$g += () = $line m/[Gg]/g;
$c += () = $line m/[Cc]/g;
}
my $length = length($seq);
print "Sequence length is:".$length."\nContains ".$g." Gs and ".$c." Cs\nGC percentage is:".(($g+$c)/$length).".\n";