dN/dS如何计算？我想知道的是用什么软件，以及具体的操作步骤。非常感谢！dN/dS:theratioofnonsynonymous(aminoacid-altering)changespernonsynonymoussitetosynonymouschangespersynonymoussite.Thisratioisuse

Question

dN/dS 如何计算？我想知道的是用什么软件，以及具体的操作步骤。非常感谢！ dN/dS: the ratio of nonsynonymous (amino acid-altering) changes per nonsynonymous site to synonymous changes per synonymous site. This ratio is used to infer the type of evolutionary pressure acting on a protein: when dN/ dS > 1 positive Darwinian selection is inferred; when dN/dS = 1.0, strict neutrality is inferred; and when dN/dS < 1, purifying selection is inferred.？

Answer 1

据说MEGA5、PAML都可以直接计算，但是我不会。我一般是先用MEGA4算Ka和Ks，然后再除的。不想赚你的分，刚好我也在搜。你要是不嫌麻烦的话可以把它们校对好，存成meg格式，fas也留一份。打开meg格式，在Distance里面计算，不用改什么参数，MEGA是单机版的，简单的很，你用过吧？