核酸的染色方法有哪些?各有什么优缺点?使用时应注意什么吗?

Question

核酸的染色方法有哪些?各有什么优缺点?使用时应注意什么吗?

Answer 1

1、溴化乙锭（ethidium bromide,EB）
最常用的核酸荧光染料,可嵌入核酸双链的配对碱基之间,在紫外线激发下,发出桔红色荧光.EB-DNA复合物中的EB发出的荧光,比游离的凝胶中的EB发出的荧光强度大10倍,因此无需洗净背景即可清楚观察核酸带型.若EB背景太深,可将凝胶 浸泡于1mmol/LMgSO4中1h或10mmol/L MgCl2中5min,使非结合的EB褪色,这 样可检查到10ng的DNA样品,EB也可用于检测单链DNA或RNA,但其对单链核酸的亲和力相对较小,荧光产率也相对较低.
在凝胶或电泳缓冲液中加入终浓度为0.5μg/ml的EB,染色可在电泳过程中进行,能随时观察核酸的迁移情况.但EB带正电荷,嵌入碱基后增加了 核酸分子的刚性,使迁移率减慢,故不宜用于测定核酸分子量的大小,这时应在电泳后将凝胶浸入0.5μg/ml的EB水溶液中10min进行染色.EB见光 易分解,应于4℃避光保存,
2、吖啶橙（acridine orange,AO）：
吖啶橙可嵌入双链核酸碱基对之间,在254nm紫外线激发下发出530nm的绿色荧光；还通过静电与单链核酸的磷酸基结合,在254nm紫外线激发 下产生640nm的红色荧光.因此可区分单链和双链核酸,灵敏度分别为0.1μg和0.05μg.但吖啶橙的染色操作要求严格,应在 22℃,0.01mol/L磷酸钠缓冲液（pH7.0）中避光浸泡30min,然后在搪瓷盘中用该缓冲剂4℃脱色过夜或22℃脱色1~2小时.
3、银（Ag+）试剂：
Ag+与核酸形成稳定复合物,然后用甲醛使Ag+还原成银颗粒.AgNO3等试剂可使聚丙烯酰胺凝胶上的单链,双链DNA及 RNA都染成黑褐色.银染法的灵敏度比EB染色高200倍左右,比亚甲蓝染色高100~1000倍,在小于0.5mm厚的凝胶中,能检测出0.5ng的 RNA,其缺点是专一性不强,能与蛋白质,去污剂反应也产生褐色,而且对DNA的染色定量不准确.银与DNA稳定结合,对DNA有破坏作用,不适于DNA 片段回收的制备.
4、亚甲蓝（methylene blue）
可将RNA染成蓝色,但灵敏度不高,而且操作时间长.胶浸泡于0.02%的亚甲蓝,10mmol/L Tris-Ac（pH8.3）,4℃放置1~2h,用净水洗5~8h（反复换水）,带型肉眼可见,最低检测量为 250ng.