我想扩增一个未知的基因,CLUSTALX和PRIMER5.我想扩增一个未知的基因,我先在NCBI里面找到其他物种这个基因的序列,然后多重比对找到保守区,在保守区设计简并引物,扩增出保守区,再RACEPCR得到

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我想扩增一个未知的基因,CLUSTAL X和PRIMER5.
我想扩增一个未知的基因,我先在NCBI里面找到其他物种这个基因的序列,然后多重比对找到保守区,在保守区设计简并引物,扩增出保守区,再RACE PCR得到全长基因,表达蛋白.请问我的设想对吗?现在问题是：我用的CLUSTAL X多序列比对,以TXT格式导出比对结果,然后是直接把保守区复制进PRIMER5设计引物吗?保守区多长比较好?要选几个保守区来设计引物?得出的引物也不敢马上拿去合成,怕自己设计的不好,烧钱,纠结.谢谢各位同学伸出援助之手,救我于水火.

▼优质解答

答案和解析

找几个近源的物种的该基因clustal,找出几个长度大于20的保守区,在这几个保守区域拉几条引物,放到primer5里评一下分,找一对分数高的引物,产物长度200-1000bp都可以,扩去就行了.如果找不到完全一致的引物,就在不一样的那个碱基上设计成简并的.

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